Die Bezeichnung City-Strecken im aktuellen Flugplan der TUIfly bezieht sich auf alle innerdeutschen Strecken sowie Flüge zu den im Folgenden aufgeführten Destinationen:
| Destinationen Winter 2009/2010 | Destinationen Sommer 2010 | |
| Flüge vom 25.10.09 - 27.03.10 nach | Flüge ab 28.03.10 nach | |
| Bari | Algier | |
| Brindisi | Bari | |
| Cagliari | Brindisi | |
| Catania | Cagliari | |
| Graz | Calvi | |
| Innsbruck | Catania | |
| Klagenfurt | Dubrovnik | |
| Mailand | Graz | |
| Nador | Innsbruck | |
| Neapel | Klagenfurt | |
| Olbia | Mailand | |
| Palermo | Malaga | |
| Porto | Nador | |
| Rijeka | Neapel | |
| Rom | Olbia | |
| Salzburg | Palermo | |
| Thessaloniki | Pisa | |
| Tanger | Rijeka | |
| Tunis | Porto | |
| Valencia | Rijeka | |
| Venedig | Rimini | |
| Wien | Rom | |
| Salzburg | ||
| Thessaloniki | ||
| Tanger | ||
| Tunis | ||
| Valencia | ||
| Venedig | ||
| Wien |