La denominación “conexiones entre ciudades” dentro del plan de vuelos de TUIfly se refiere a todas las conexiones nacionales dentro de Alemania, así como a vuelos a los siguientes destinos:
| Destinos invierno 2009/2010 | Destinos verano 2010 | |
| Vuelos del 25.10.09 al 27.03.10 desde/hacia: | Vuelos a partir del 28.03.10 desde/hacia: | |
| Bari | Argel | |
| Brindisi | Bari | |
| Cagliari | Brindisi | |
| Catania | Cagliari | |
| Graz | Calvi | |
| Innsbruck | Catania | |
| Klagenfurt | Dubrovnik | |
| Milán | Graz | |
| Nador | Innsbruck | |
| Nápoles | Klagenfurt | |
| Olbia | Malaga | |
| Palermo | Milán | |
| Porto | Nador | |
| Rijeka | Nápoles | |
| Rijeka | Olbia | |
| Salzburgo | Palermo | |
| Tesalónica | Pisa | |
| Tánger | Porto | |
| Túnez | Rijeka | |
| Valencia | Rimini | |
| Venecia | Roma | |
| Vienna | Salzburgo | |
| Tesalónica | ||
| Tánger | ||
| Túnez | ||
| Valencia | ||
| Venecia | ||
| Vienna |